El órgano, albergado en una caja barroca del siglo XVIII, sustituye a otro anterior que se encontraba en estado de ruina. El instrumento actual, construido en 2001 por el organero Gerhard Grenzing, consta de dos teclados y pedal completo, conjugando la tradición ibérica de trompetería en fachada con la rotundidez del pedal y los registros centroeuropeos, así como un trémolo para facilitar la ejecución de amplia literatura musical compuesta para este instrumento de viento. Fue necesario construir también una nueva tribuna.